R pakete downloaden

Dadurch werden einige grundlegende Funktionen installiert, die zum Installieren von Bioleiterpaketen erforderlich sind, z. B. die Funktion biocLite(). Wenn Sie die Kernpakete von Bioconductor installieren möchten, geben Sie es einfach ohne weitere Argumente ein: Wenn Sie über die Library()-Funktion sprechen, gibt es manchmal eine Verwechslung zwischen einem Paket und einer Bibliothek, und Sie können Leute finden, die “Bibliotheken” zu Paketen aufrufen. Sie haben mehrere Repositories überprüft, und ja, Sie wissen, dass Sie die Liste der CRAN-Pakete hier überprüfen könnten, aber mit mehr als 10000 Optionen, ist sehr einfach zu verlieren. INSTALL, REMOVE, remove.packages, library, .packages, read.dcf Eine zweispaltige Matrix mit Namen und Zieldateinamen dieser Pakete, die erfolgreich heruntergeladen wurden. Wenn Pakete nicht verfügbar sind oder ein Problem mit dem Download vorliegt, werden entsprechende Warnungen ausgesprochen. Nur unterstützt, wenn lib von Länge eins ist (oder fehlt), so ist es eindeutig, wo die abhängigen Pakete zu installieren. Wenn dies nicht der Fall ist, wird es ignoriert, mit einer Warnung.

Aber lassen Sie uns für die vollständige Suche gehen, wenn Sie das Schlüsselwort “korean” eingeben und auf “Suchen” klicken, erhalten Sie zwei Spalten mit Ergebnissen: Pakete in der linken Seite und Funktionen in der rechten. Es ist ein bisschen schmerzhaft, /data/Rpackages/ die ganze Zeit eingeben zu müssen. Um diese Belastung zu vermeiden, erstellen wir eine Datei . Renviron in unserem Heimatgebiet, und fügen Sie die Zeile R_LIBS=/data/Rpackages/ hinzu. Dies bedeutet, dass bei jeder Start von R das Verzeichnis /data/Rpackages/ zur Liste der Orte hinzugefügt wird, an denen nach R-Paketen gesucht werden soll, und so: Dateipfade von ZIP-Dateien, die binäre Builds von Paketen enthalten. ( und file:// URLs werden ebenfalls akzeptiert, und die Dateien werden von lokalen Kopien heruntergeladen und installiert.) Quellverzeichnisse oder Dateipfade oder URLs von Archiven können mit type = “source” angegeben werden, aber einige Pakete müssen geeignete Tools installiert werden (siehe Abschnitt “Details”). Mit Blick auf die Spalte Pakete erhalten Sie für jedes Ergebnis den Namen des Pakets, mit einem Link zu detaillierteren Informationen, dem Namen des Autors, der auch verlinkbar ist, um andere Pakete desselben Autors zu sehen, eine Beschreibung des Pakets mit dem markierten Suchwort und Informationen über die Popularität des Pakets. install.packages muss in der Lage sein, alle Abhängigkeiten von pkgs von verfügbar zu berechnen, einschließlich, ob ein Element von pkgs indirekt von einem anderen abhängt.

Das bedeutet, dass, wenn Sie z.B. CRAN-Pakete installieren, die von Bioconductor-Paketen abhängen, die wiederum von CRAN-Paketen abhängen, verfügbare Pakete sowohl CRAN- als auch Bioconductor-Pakete abdecken müssen. Sie können devtools wie gewohnt mit install.packages(“devtools”) installieren, aber Sie müssen möglicherweise auch Rtools unter Windows, Xcode-Befehlszeilentools auf dem Mac oder r-base-dev und r-devel unter Linux installieren. Hier finden Sie weitere Details zu devtools und Installation. und gibt den Typ des pakets an, das heruntergeladen und installiert werden soll. Wird “Quelle” außer unter Windows und einigen macOS-Builds sein: siehe Abschnitt “Binäre Pakete” für diese. Wie Sie ein Paket installieren können, hängt davon ab, wo es sich befindet. Für öffentlich verfügbare Pakete bedeutet dies also, zu welchem Repository es gehört. Der häufigste Weg ist, das CRAN-Repository zu verwenden, dann benötigen Sie nur den Namen des Pakets und verwenden den Befehl install.packages(“package”).

An diesem Punkt sollten Sie in der Lage sein, zu installieren und das Beste aus Ihren R-Paketen zu bekommen, aber es gibt noch eine letzte Frage die Luft: Wo finden Sie die Pakete, die Sie brauchen? eine Matrix, wie sie von available.packages zurückgegeben wird und Pakete auflistet, die in den Repositorys verfügbar sind, oder NULL, wenn die Funktion einen internen Aufruf an available.packages ausführt.